В декабре специальным приказом командования люфтваффе Баумбах был переведён в штаб ВВС. На новой должности Вернер Баумбах занимался разработкой различных проектов для бомбардировочных частей. При его участии был реализован давний замысел командования по созданию Henschel Hs 293 — планирующей бомбы, предназначенной для поражения крупных морских целей. Самым большим достижением Баумбаха является разработка и внедрение проекта Mistel. Суть данного авиационного комплекса состояла в следующем: в носовой части самолёта Junkers Ju 88 вместо кабины пилотов помещали большое количество детонирующего вещества, превращая этот самолёт в бомбу. Носовую часть фюзеляжа оснащали длинным наконечником, являющимся детонатором. Там же располагались распорки, к которым крепился самолёт — носитель. В полёте самолёт-бомба отсоединялся от самолёта-носителя, в результате чего последний мог благополучно вернуться на базу. В феврале 1944 года Баумбах стал командиром KG 200 — бомбардировочной эскадрильи, выполнявшей в основном специальные и секретные миссии. 15 ноября Вернер Баумбах получил звание подполковника. Зимой того же года Баумбах недолгое время исполнял обязанности главного инспектора бомбардировочной авиации люфтваффе. 5 января Вернеру Баумбаху присвоили звание полковника. Примерно в то же время Баумбах, предчувствуя скорое падение Рейха, написал письмо Герману Герингу, в котором выступил против продолжения войны. Реакции командующего люфтваффе не последовало. Весной 1945 года вместе со своим другом Альбертом Шпеером Вернер Баумбах всячески препятствовал выполнению приказа командования по использованию тактики выжженной земли. В частности, они сумели уговорить гауляйтера Гамбурга Карла Кауфманна сдать город союзникам без боя во избежание его разрушения.

30 апреля по личному распоряжению гросс-адмирала Дёница, главы государства после самоубийства Адольфа Гитлера, Баумбах прибыл в город Ойтин, где сдался в плен британским войскам.

Ве́рнер Ба́умбах (нем. Werner Baumbach; 27 декабря 1916, Клоппенбург — 20 октября 1953, Буэнос-Айрес) — немецкий пилот бомбардировочных частей люфтваффе Второй мировой войны, полковник. Командир секретной эскадры ВВС нацистской Германии Kampfgeschwader 200 (KG 200). Кавалер Рыцарского креста с Дубовыми Листьями и Мечами за потопление судов союзников тоннажем свыше 300 тысяч тонн.

Вернер стал одним из первых пилотов, управлявших новейшими бомбардировщиками Junkers Ju 88. Вскоре тридцать юнкерсов образовали эскадру Kampfgeschwader 30, Баумбаха зачислили в пятую эскадрилью.

Во Вторую мировую войну лётчики эскадрильи Баумбаха проявили себя с самой лучшей стороны, поддерживая умелыми действиями с воздуха части вермахта в Польской кампании. Баумбах также отличился в боях, за что 28 сентября был награждён Железным крестом 2-го класса. В конце года эскадрилью Баумбаха командование перевело на побережье для борьбы с кораблями союзников в акватории Северного моря. Позднее лётчик принял участие в битве при Нарвике, за что получил памятный знак — щит «Нарвик». В той же кампании 19 апреля 1940 года пятая эскадрилья KG 30 атаковала и нанесла значительный ущерб французскому лёгкому крейсеру «Эмиль Бертэн». Действия лётчиков были отмечены командованием — пилоты получили боевые награды, в частности, сам Вернер Баумбах удостоился Железного креста 1-го класса. 8 мая того же года Баумбаху был вручён Рыцарский крест за потопление судна. Ошибка произошла из-за неверных данных абвера: в действительности немецкие самолёты лишь повредили крейсер, после чего корабль отбуксировали в Брест, где он был отремонтирован уже к концу мая 1940 года. Баумбах стал первым пилотом бомбардировочных соединений люфтваффе, награждённым Рыцарским крестом.

Вскоре подразделение Вернера Баумбаха перевели на границу с Францией: близилась операция вермахта против этой страны. В одном из боёв кампании Баумбах был легко ранен. 1 июня лётчика повысили в звании до обер-лейтенанта и назначили командиром пятой эскадрильи KG 30. По окончании боевых действий во Франции Вернер Баумбах совершил секретный перелёт через всю Европу и СССР в столицу Японии — город Токио. Там немец вёл переговоры с генералом Шибутой — главой армии и флота Страны восходящего солнца. В сентябре Баумбах вернулся в Германию. В течение следующих месяцев пилот совершил множество вылетов на штурмовку кораблей союзников близ Британских островов, в том числе Баумбах принял участие в крупном налёте люфтваффе на базу английских Королевских ВМФ в гавани Скапа-Флоу на Оркнейских островах. Вернер Баумбах также служил в составе авиационных соединений, бомбивших Лондон. В конце 1940 года в ходе аварийной посадки Баумбах получил ранение и в январе 1941 года после излечения он вернулся в своё подразделение. За свои значительные успехи, в особенности потоплении судов общим тоннажем около 240 тысяч тонн, 14 июля пилот был награждён Дубовыми Листьями к его Рыцарскому кресту. 20 июля того же года Баумбах получил звание капитана и принял командование первой группой KG 30. Выполняя различные миссии над Средиземным и Северным морями, а также полуостровом Крым, Вернер Баумбах к августу 1942 года имел на своём счету более сорока потопленных кораблей противника общим водоизмещением свыше 300 тыс. тонн. 17 августа Баумбах стал первым лётчиком бомбардировочной авиации, награждённым Мечами к Рыцарскому кресту с Дубовыми Листьями. 14 октября Вернер Баумбах получил звание майора. Свои последние боевые вылеты пилот совершил осенью 1942 года в небе над Алжиром.